小产权不能办理房屋产权证。《关于农村集体土地确权登记发证的若干意见》明确规定，对于借户籍管理制度改革或者擅自通过“村改居”等方式非经法定征收程序将农民集体所有土地转为国有土地、农村集体经济组织非法出让或出租集体土地用于非农业建设、城镇居民在农村购置宅基地、农民住宅或“小产权房”等违法用地，不得登记发证。

小产权是民间的一种通俗叫法，在我国房地产相关法律、法规和制度上根本没有这个概念。通常所谓的小产权房主要指两类：其一是经过国家相关政府部门的土地、规划、建设环节审批，建设在农村集体建设用地上的城中村改造房；其二是未经过任何国家相关部门和环节审批，建设在租用土地或非法侵占的土地上的房屋。

《关于农村集体土地确权登记发证的若干意见》第十条  严格规范农村集体土地确权登记发证行为。结合全国土地登记规范化检查工作，全面加强土地登记规范化建设。严格禁止搞虚假土地登记，严格禁止对违法用地未经依法处理就登记发证。对于借户籍管理制度改革或者擅自通过“村改居”等方式非经法定征收程序将农民集体所有土地转为国有土地、农村集体经济组织非法出让或出租集体土地用于非农业建设、城镇居民在农村购置宅基地、农民住宅或“小产权房”等违法用地，不得登记发证。对于不依法依规进行土地确权登记发证或登记不规范造成严重后果的，严肃追究有关人员责任。