草甘膦理论上对作物根系是不会造成伤害的。一是草甘膦遇到土壤就会失去活性，淋大树根的话药液主要流到树根部的泥土中，立即没有除草活性了；二是草甘膦一般是叶面吸收并传导到根部，树根部吸收很少，难以实现效果。
草甘膦是广泛使用的许多除草剂中的有效活性化学成分，它在欧盟的使用受到了严格的监管。草甘膦与转基因作物并无直接关系，非转基因作物一样要打除草剂草甘膦。
欧洲食品安全局（EFSA）和欧盟成员国已完成对除草剂草甘膦的重新评估，它们发布报告指出草甘膦不大可能对人类有致癌风险，同时还提出了一些新的加强控制食品中草甘膦残留的安全措施。
