1、实际补偿标准及范围与被征收人心理预期存在差距
目前各地都对集体土地征收制定了补偿规定，一般是按被征用地前3年平均产值一定幅度的倍数，房屋安置补偿由县级政府根据当地实际情况和城市房屋拆迁补偿办法和标准制订；因为规定中存在着一定的幅度，在实际执行中，征收人可能考虑整体征收费用，出于降低成本，不一定是按最高标准倍数予以补偿，土地上的房屋考虑折旧等因素，补偿标准可能大大低于被征收人心理预期，被征收人不服即出现争议。
2、政府机关工作失误
集体土地征收补偿行政案件，其产生纠纷并导致行政诉讼，往往就有因为管理部门工作人员工作失误而造成，一些地方政府机关工作人员责任意识不强，工作不认真负责，如上述案例1，因核发土地承包使用权证时未严格审查核实，导致“一地两证”极不严肃的被动情况，最终因争夺征收补偿引起行政诉讼。
3、执法方式不当
一些征收拆迁单位缺乏大局意识和工作耐心，缺乏人性化的工作方式，在拆迁工作中，甚至雇佣一些社会无业人员，采取停水、停电、阻断交通、夜间突击拆迁等手段，违法强征强拆，方法简单粗暴，导致矛盾激化，形成对峙局面。
4、后续安置补偿工作不妥当
安置补偿的后续工作不到位，也是造成土地征收补偿纠纷行政诉讼的一个原因；有些地方不严格执行国办发明电［2010］15号文件“先安置后拆迁”的规定；在集体土地征收中，计划将被拆迁人安置进城或统一集中安置到固定地点的安置房，农民随即让出土地、迁出房屋，但在约定交付期限到期后，补偿款未足额到位、安置地点或安置房迟迟无法落实，形成后续工作无人问津的局面，导致被拆迁人长期处于无法安定生活的状态；或者是虽然提供了安置房，但安置房地点有变或存在质量问题而令被拆迁人不满意，被拆迁人感觉被欺骗，对政府产生不信任感，而将政府诉至法院。
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