在生物修复项目实施以前，必须对工艺的可行性进行研究，包括对处理场所的分析，如污染物的浓度与分布、微生物的活动、土壤水环境特性及水文地质特性等，以比较、选择生物修复方案。除考虑处理的效果、处理的经费等问题以外，还需要考虑健康和安全性、风险、监测、社区关系、残留物管理等方面。
根据美国的经验，可行性研究大致可分为以下4个步骤。
（一）数据收集
应收集的数据资料如下。
(1)污染物的来源、种类和化学性质，在土壤中的浓度及其分布，受污染的时间长短：
(2)土壤受污染前后微生物的种类、数量、活性及在环境中的分布，确定当地是否有完成生物修复的微生物种群；
(3)污染地点和土壤特性，包括污染地的坡度和地形，土壤的温度、孔隙度、 渗透率，以及污染区域的地理、水文地质、气象条件和空间因素（如可利用的土地面积和沟渠井位）；
(4)根据当地有关的法律法规，确立处理目标。
（二）技术路线选择
在掌握了当地情况以后，查询有关生物修复技术发展应用的现状，是否有类似情况和经验。提出各种修复方法（不只是生物修复）和可能的组合，进行全面客观的评价，筛选出可行的方案，并确定最佳技术路线。
（三）可处理性试验
如果认为生物修复技术可行，就需要进行实验室小试和现场中试，获得有关污染物毒性、温度、营养和溶解氧等限制性因素的资料，为工程的实施提供必要的工艺参数。
（四）实际工程设计
如果通过小试和中试均表明生物修复技术在技术上和经济上是可行的，就可以开始生物修复项目的具体设计，包括处理设备、井位、井深、营养物和氧源（或其他受体）等。
