目前中央财政对农业实施的各种补贴政策，主要都是以“普惠制”的方式实施，其中自2002年以来，国家相继实施的良种补贴、种粮直补和农机购置补贴(简称“三补贴”)，这些政策对加速畜牧良种的普及与推广、调动养殖户特别是散养农民选购良种的积极性和提高农民收入起到极大的推进作用。
自2006年中央财政开始实施畜牧良种补贴政策以来，支持力度不断加大。2013年～2015年近三年，中央财政为推进畜牧品种改良，通过畜牧发展扶持资金安排每年12亿元实施畜牧良种补贴，鼓励养殖者购买牲畜良种冻精和种公畜进行牲畜品种改良。补助资金里中生猪良种补贴占较大比重，例如2014年安排生猪良种补贴6.61亿元，超补助资金的50%。截至2015年，中央财政已累计安排89.5亿元实施畜牧良种补贴。
然而，良种补贴政策实施十多年来，矛盾和问题不断出现。在最近几年全国两会代表的议案、提案中，有不少代表建议尽快对“普惠制”的农业补贴政策进行改革。国家发改委、财政部、农业部等方面也先后进行了大量调研，对此推出整合“三补贴”试点等政策。
2016年是国家“十三五”的第一年，这期间国家将进行一系列补贴制度和涉农财政资金投入方式改革。有专家在中国农业补贴改革这一方面预测，良种补贴、农民直补和农资综合补贴等三项农业补贴政策将合并为“农业支持保护补贴”。而整体上，农业补贴改革将会向种粮大户、家庭农场和农民合作社等主体倾斜，大的目标还是以保障国家粮食安全为主。
预计，2016年将出现更大范围的农业补贴政策改革。
