处理此类问题的依据是：《土地管理法实施条例》第二十六条规定：“土地补偿费归农村集体经济组织所有；地上附着物及青苗补偿费归地上附着物及青苗的所有者所有。征收土地的安置补助费必须专款专用，不得挪作他用。需要安置的人员由农村集体经济组织安置的，安置补助费支付给农村集体经济组织，由农村集体经济组织管理和使用；由其他单位安置的，安置补助费支付给安置单位；不需要统一安置的，安置补助费发放给被安置人员个人或者征得被安置人员同意后用于支付被安置人员的保险费用。”
《国务院关于深化改革严格土地管理的决定》（国发[2004]28号）规定：“省、自治区、直辖市人民政府应当根据土地补偿费主要用于被征地农户的原则，制订土地补偿费在农村集体经济组织内部的分配办法。”
《国土资源部关于开展制订征地统一年产值标准和征地区片综合地价工作的通知》（国土资发［2005］144号）规定：“征地区片综合地价（以下简称征地区片价）是指在城镇行政区土地利用总体规划确定的建设用地范围内，依据地类、产值、土地区位、农用地等级、人均耕地数量、土地供求关系、当地经济发展水平和城镇居民最低生活保障水平等因素，划分区片并测算的征地综合补偿标准，原则上不含地上附着物和青苗的补偿费。”
2010年《国土资源部关于进一步做好征地管理工作的通知》规定：“征地批后实施时，市县国土资源部门要按照确定的征地补偿安置方案，及时足额支付补偿安置费用；应支付给被征地农民的，要直接支付给农民个人，防止和及时纠正截留、挪用征地补偿安置费的问题。”
处理此类问题应当把握的原则是：一是国家现有法律法规对被征收的农村集体土地的补偿，规定了对土地所有权人和土地承包经营权人、土地使用人的分别补偿。目前的补偿原则是土地补偿费主要用于被征地农户。二是实行区片综合地价后，对土地所有权人和土地承包经营权人做了更加明确的规定，要求应支付给被征地农民的补偿费，要直接支付给农民个人。
