答：根据《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字〔1995〕48号)第一条规定：“关于以房地产进行投资、联营的征免税问题
对于以房地产进行投资、联营的，投资、联营的一方以土地(房地产)作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资、联营的企业中时，暂免征收土地增值税。对投资、联营企业将上述房地产再转让的，应征收土地增值税。”
根据《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》(财税〔2006〕21号)第五条规定：“关于以房地产进行投资或联营的征免税问题
对于以土地(房地产)作价入股进行投资或联营的，凡所投资、联营的企业从事房地产开发的，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，均不适用《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字〔1995〕48号)第一条暂免征收土地增值税的规定。”
点评：
假设A企业以其拥有的土地使用权(计税基础5000万元、评估价格8000万元)向B企业进行投资(A、B企业均为非房地产企业)，根据财税字〔1995〕48号A企业投资环节暂免征收土地增值税，如若后期B企业变更为房地产开发企业，则日后以接受投资的土地开发完成的项目对外进行销售，计征土地增值税时如何确认土地成本?两种观点讨论如下：
1、计算土地增值税扣除成本为A企业投资前计税基础5000万元;
理由：A企业将该土地作价入股投资到B企业，享受财税字[1995]48号文暂免征收土地增值税优惠。而B企业日后转让开发项目产生土地增值税纳税义务，但由于投资环节暂免征收土地增值税，因此计算土地增值税的扣除成本为5000万元;也就是说B企业应就投资环节A企业暂免征收的土地增值税合并到转让环节完成，如此处理对于税务征管较为方便，及可防范国家税收流失，但B企业却承担了A企业投资环节的纳税义务，似乎存在不合理之处;
2、计算土地增值税扣除成本为A企业投资评估价8000万元;
理由：根据财税字[1995]48号文A企业以土地作价8000万元投资B企业，因此B企业取得土地的实际代价是A企业投资入股时的作价金额8000万元。则B企业计算土地增值税时扣除项目金额为8000万元;但由于投资环节A企业享受了暂免征收土地增值税优惠，再转让时已经不符合免征土地增值税条件，因此投资环节的土地增值税应由A企业补回;如此，土地增值税将会产生两个纳税主体和两道纳税环节，将不利于税收征管。
对于前述讨论各地存在不同的征管，参考青岛市地方税务局关于印发《房地产开发项目土地增值税清算有关业务问题问答》的通知《青地税函[2009]47号》：
(一)2006年3月2日之后，在投资或联营环节，已对土地使用权投资确认收入，并对投资人按规定征收土地增值税的，以征税价格作为被投资企业取得土地使用权所支付的金额据以扣除。
即，假设A企业投资时已就土地评估增值部分计缴土地增值税，则B企业再转让时应按8000万元确认土地成本列支扣除项目。
(二)2006年3月2日之前，以土地作价入股进行投资或联营从事房地产开发的，被投资企业在土地增值税清算时，应以投资者取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用作为其取得土地使用权所支付的金额据以扣除，投资或联营时形成的土地使用权溢价不得扣除。
即，假设A企业投资时未就土地评估增值部分计缴土地增值税，则B企业再转让时应按A企业投资前的土地成本5000万元确认并列支扣除项目。
坤盛财税提醒各房地产开发企业如遇此类业务相关土地增值税的税务处理，建议咨询主管税局以进行确认。
