长期以来，农村土地在集体所有制下存在着权利归属不清、无法充分行使和收益分配不合理等问题。农地确权发证如果能够明确农户对土地的权利归属，进一步激发农民在土地投入、经营收益和转让中的积极性，才能充分实现农村土地的价值，促进社会加大对农村土地投入，实现农民利益的最大化。
农地确权的一项重要任务应该进一步明确土地的所有权主体问题。农地在法律上明确为集体所有，在政治上明确为公有。但是，农地的实际所有权主体并不清晰。一方面，“集体”的外延没有法律上的界定。这种产生于“一化三改”时期的抽象的集体所有制与集体所有权，在市场经济下迫切需要明确所有权的主体范围。由于没有明确的集体土地所有权主体，土地处置和收益权就无法落实到每个集体成员。
另一方面，农地集体所有权的内涵也没有明确界定。集体拥有的土地所有权包括哪些方面，如何行使，这些都没有明确的法律规定。“集体”可以在农地上行使建设、出租、经营和转让并获得收益等所有权应该拥有的权利吗？如果“集体”对农地也不能进行转让等市场交易活动，其所有权是否存在就值得怀疑。可见，现有的农地集体所有权具有许多模糊性，这些模糊性使农地的市场价值无法得到实现。当然，实践证明，所有权不是产权的全部，模糊的所有权只要不影响资产的使用、转让和收益，这种所有权可以作为一种抽象意义的所有权而存在，不会影响现实中资源配置效率。保证农村土地集体所有这一公有制性质并不是不可以，但是，要落实农村土地集体所有权的主体范围和内涵，才能使农地的市场配置有明确的权利主体和利益归属对象，促进农地规范有效地配置。
传统农户的土地承包经营是“交够国家，留足集体的，剩下的都是自己的”，所以这种承包权不过是剩余索取权。后来由于农业弱势地位不断显现，农民又要承担自己的社会保障，国家与集体的剩余分配权才不断退让，农民基本享有了生产经营所需要的占有、使用和产品收益权，后来又增加了流转收益权。但是，农户现有的承包权根本不能等同于土地所有权，目前在承包权上衍化出的经营权、流转权等都是在没有明确农地权利下农户与政府在土地资产博弈下产生的各种形态，这些权利形态并不是正常经济权利的产物，而是制度设置扭曲的产物。
农地权益中最重要的一项权益是转让权。流转权只是使用权的转让，而且只能在承包期限内，往往只是短期性转让。这样，流转收益只能是以年计算的一种短期收益。而承包经营权的转让则是把国家规定的农户享有的土地承包权益完全转让，现有法律和相关规定都不容许，其障碍有三个方面：一是农户对土地的权益不是完全的，只有承包权，所以只能转让承包权，而不能转让所有权。二是土地的社会保障功能阻碍农户完全转让权益。许多观点认为，如果一旦容许农户一次性转让承包权，农户没有更可靠的生存条件，农户将成为游民使社会面临新的问题。三是农地承载着保障粮食安全的责任，农户只有土地使用权而不是所有权，可以保证土地用于粮食或农产品生产。而农户一旦可以完全转让农地权益，土地就可能会转到非农户手中，就无法保证农地用于农业生产。
这些因素在改革开放初期考虑是合理的，但是今天乃至今后依旧这样考虑就没有意义了。首先，农户对土地的权益只有承包权而没有所有权是法律制度制订的而不是经济的现实状况和实际需要。联产承包责任制实施到今天，尤其是社会主义市场经济体制建立后，农地的集体所有制对农地的保护、农民利益的实现都不再具有积极意义而是一种制度障碍。
农地对农户的社会保障功能也将随着国家社会保障体系的建全和经济发展而被弱化。将农地作为农户社会保障的主要载体是我国社会保障体系不健全的一个重要表现。传统的农地社会保障功能对农民是不公平的。农户应该享有与城市居民同样的社会保障，教育、医疗和养老等社会保障方面的责任也只能由社会承担。如果说土地经营可以如工厂经营一样承担经营收益的社会责任，那就应该通过土地经营主体在产品成本中体现社会保障成本，而不是直接把土地资产作为社会保障的保证。农地转让后的社会保障完全可以由社会或土地转让收益的一部分来承担，农户和社会都不应该担心农户失地后可能出现社会保障困境。
社会担心农地转让后不能继续保证其用于农业生产经营，这种担心是没有必要的。即便土地是经过市场受让的，国家完全可以通过对土地用途的规划来限制土地用途，在基本农田保护范围内的农地通过法律禁止非农业生产使用，土地用途管制属于政府责权范围之内。正如在城市建设中要对所有建设项目进行审批和登记一样，农村土地用途可以通过法律手段实行严格规范。不能因为害怕农地非农化就禁止农地转让，土地资源的市场化配置必然要求土地摆脱目前的制度束缚，从而既可以实现农户收益的最大化，也可以促进土地的规模化经营，提高农地产出与收益，从根本上保障粮食生产安全。
农地作为一种生产资源，应该有其价值，这种价值不仅体现在农地直接从事农产品生产的现时收益，还包括经济发展带来的土地资源和农地资源稀缺性增加的长期收益。农地的转让就是要把现时收益与长期收益贴现化，用现时的货币价值将近期与远期的可能收益全部体现出来。在一定时间内，农地如果形成一定的交易市场，市场中的土地价值是可以作为农户交易的参考价值。只要农户不是出于家庭生存急需而抛售土地，农地的价值在市场中就会逐渐被发现。因此，不应该担心农户在农地交易中会不理性地为了变现而将农地抛售。近些年，由于农地流转和土地征用使农地价值不断被发现，农户越来越认识到农地的真正价值不是在生产经营上，而是在土地稀缺性带来的市场价值。这说明，在土地价值中，农业生产收益只是很小的一部分，真正的增值来自于社会发展对土地稀缺性的认可。
