分两种情况办理国有土地使用权转让手续。国土部门不能直接办理该宗划拨性质的国有土地使用权转让手续。具体理由如下：
根据《城市房地产管理法》第三十九条规定，划拨土地使用权转让，应当报有批准权的人民政府批准。有批准权的人民政府准予转让的，应当由受让方与市、县人民政府土地行政主管部门办理土地使用手续。经批准转让的，转让后土地用途不符合《划拨用地目录》的(本案中土地用途发生了变化，不符合划拨用地目录)，应当由受让方办理出让等土地有偿使用手续，具体可分两种情况办理：
——地方法规或行政规定明确划拨土地转让应当收回土地使用权的，或者《国有土地划拨决定书》明确划拨土地转让应当收回土地使用权的，应当由市、县人民政府收回转让人的划拨土地使用权(对划拨土地使用权人给予相应补偿，补偿金额根据划拨土地使用权价格确定)后，依法有偿供应，属于经营性用地的，应当依法以招拍挂方式供应。
——地方法规、行政规定没有明确，《国有土地划拨决定书》也没有约定的，根据《国务院关于深化改革严格土地管理的决定》(国发〔2004〕28号)第十七条的规定，应当在土地有形市场公开交易，从成交价款中优先扣缴土地出让金(扣缴的土地出让金应按照土地市场价格确定，即成交价格扣除划拨土地使用权价格后的余额，划拨土地使用权价格属于对原土地使用权人的补偿)，受让方与土地行政主管部门签订土地有偿使用合同，与原划拨土地使用权人的签订土地补偿合同。
应交纳的土地使用权出让金额=出让土地使用权市场价格-原划拨土地使用权价格;转让方应取得的土地补偿=划拨土地使用权价格。
