首批6宗入市土地中，没有一宗是城中村整治后的土地入市，主要原因是地方政府担心对征地造成冲击，也反映了当前集体土地入市尚面临诸多难题。
一是，农村土地管理基础工作有待加强。
从试点前期工作情况看，地籍工作不实、缺乏合法产权、土地规划滞后三个问题相当突出，影响工作的推进。
二是，入市范围、途径、方式等有待研究规范。
关于入市范围，各地的认识很不一致，有的认为，可入市土地只有现状集体建设用地中符合“两规”的经营性用地;也有认为，可入市土地是在存量集体经营性建设用地总规模控制下，符合“两规”的集体经营性建设用地，包括可直接就地入市的用地和可调整入市的用地;还有的认为，可入市土地在存量集体建设用地总规模控制下，依据“两规”确定的集体经营性建设用地。
关于入市途径，三种入市途径的成本和收益差异悬殊：就地入市成本低，但收益一般也低，利益关系相对易处理;调整入市拆旧和建新两头有成本，如果入市是效益低的工业用途，利益平衡的难度明显增大;城中村整治入市成本高，但收益更高，对现行征地制度的冲击不容轻视。
关于入市方式，考虑到农村市场小微企业居多，政策上应支持多种方式入市;农村集体建设用地产权关系往往十分复杂，采取招拍挂还是协议出让，宜结合实际情况确定，但要根据评估确定出让底价并确保公开透明。
三是土地增值收益调节金收取亟待加强指导。
关于收取比例问题，湄潭和郫县此次的收取比例分别只有12%和15%。收取比例问题不仅关系国家与集体之间的收益分配是否合理，也关系到土地征收等相关工作，收取比例过低，导致入市收益与征地补偿水平严重失衡，势必进一步加大征地困难。
关于收取差额问题，只有德清针对不同区域、不同用途实行差额收取。土地增值收益调节金既承担国家与集体之间的收益合理分配功能，也关系不同用途土地的收益公平分配问题，规划用途不同，土地增值收益差异很大，收取比例若没有适当价差，既有失公平，也可能加剧规划等相关工作的矛盾。
还有调节金用途问题。德清、湄潭、郫县三地的规定有详有略。调节金的收取既然主要依据基础设施建设和土地开发形成的土地增值，就应当按照取之于地、用之于地的原则，尽可能明确用途。
四是集体经济组织内部入市收益管理要未雨绸缪。
入市收益分配是集体土地入市改革的核心问题。三地入市收益分配办法可以说各有特点，但都欠完善，尤其是湄潭的分配办法过于笼统，留下制度漏洞。
入市收益管理问题，三地中郫县对集体经营性建设用地入市收益管理最为详尽，德清只制定了一个入市收益分配管理规定，湄潭更只提出留归集体经济组织的土地收益纳入其集体资产统一管理，亟待细化完善。
五是农村土地制度三项改革需要统筹协调推进。
从首批入市试点情况看，有必要加强“两个统筹协调”。
之一是要统筹协调调查规划。农村中的生产、生活、生态用地，农村建设用地中的经营性用地、公益性用地和农民宅基地，都是一个整体，各业各类用地的规模、结构、布局、时序需要统筹安排、相互协调，否则，将不利于优化用地配置和节约高效用地，也给农村的全局和长远发展留下隐患。
之二是要统筹协调收益分配。与城市各类用地的收益和支出由政府统一支配、统筹使用不同，农村的产业发展用地、基础公益用地、农民宅基地大都分散在不同的集体经济组织和成员之中，因此尤其需要对各项收益进行统筹协调，防止畸轻畸重。
首批入市地块收益，有的已经远远高于征地补偿水平，也明显高于增减挂钩和农村宅基地有偿退出收益，若不及时妥善应对，未来相关改革难免不相互掣肘，影响改革的顺利推进。
