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新疆的环境保护工作，自1973年起大致经历了以下四个阶段。
第一阶段，1973～1979年。1973年国务院召开了第一次全国环境保护工作会议，国家制定了“全面规划、合理布局、综合利用、化害为利，依靠群众、大家动手、保护环境、造福人民”，三十二字环境保护工作方针，提出了环境治理工作重点：工业污水和煤烟粉尘;提出了14个重点城市、24个人口50万以上的城市和省会;180个设立市的城市首先开展消烟除尘工作，尽快实现烟囱不冒黑烟。李先念副总理代表国务院在会上提出：今后新建企业要把三废治理与主体工程同时设计、同时施工、同时投产，否则不准开工、不准投产，要在建设中把三废污染问题解决好。
自1973年全国第一次环境保护工作会议以后，1974年原自治区综合利用办公室由自治区建筑工程局移交自治区计划委员会代管，并于同年成立自治区环境保护办公室。1976年自治区环境保护领导小组成立，由自治区党委书记宋致和任组长，自治区建委杨一山副主任任办公室主任，同年自治区环境监测站、自治区环境保护科学研究所、乌鲁木齐市环境保护办公室相继成立。
这一时期工作的重点在乌鲁木齐地区，主要抓了新建项目的三同时和市区内的消烟除尘工作。1978年9月，自治区革命委员会颁布了《关于新建、改建、扩建工程实行污染治理设施与主体工程三同时的暂行规定》、《新疆维吾尔自治区电镀行业防治污染暂行管理》，在工业污染防治方面，对重污染行业、结合技术改造，改炉节燃、消烟除尘、推广无氰电镀、无氰选矿、硫酸的“两转两吸”技术应用等。
第二阶段，1979～1985年。1979年6月，新疆维吾尔自治区环境保护局成立(一级局建制)，同年《中华人民共和国环境保护法》(试行)颁布实施，1982年，国务院颁布了《征收排污费暂行办法》，1983年国务院召开了第二次全国环境保护工作会议，会议提出了把环境保护作为国家的基本国策。1984年《中华人民共和国水污染防治法》颁布实施，同年国务院印发了《关于结合技术改造治理工业污染的若干规定》。自治区人民政府自1980年起到1985年前先后批准建立了16个自然保护区。1983年9月自治区人大常委会审议批准了《新疆维吾尔自治区关于贯彻执行国务院<征收排污费暂行办法)的具体规定》，1985年，按照全国统一部署，在自治区范围内开展了首次工业污染源调查工作，通过调查，基本摸清了自治区工业污染的现状，建立了档案，为自治区的工业污染防治工作提供了依据。
这一时期，自治区的环境科学研究工作进展顺利，1979年新疆环境科学学会成立，1980年由原自治区科委、自治区建委共同领导的新疆环境保护科学研究所移交自治区环保局领导。1982年自治区组成野生动物考察队，对阿尔金山地区1万多平方公里内的高山野生动物资源进行考察;同年6月自治区环保局对开都河流域水利工程及其对自然生态环境的影响进行了专题调查。1984年5月，由13个单位组成的自治区综合科学考察队，对阿尔金山自然保护区进行综合科考，有四项环境科研成果获自治区科技进步二等奖。
第三阶段，1985～1995年。1985年3月，自治区环保局从城乡建设环境保护厅分离，重新成立自治区环境保护局(二级局建制)，1990年6月，自治区环保局改变隶属关系，由自治区人民政府直接领导，这一时期，国家法律法规、制度逐于完善，根据国家的要求，各项工作全面展开。
开展城市环境综合整治。从90年代初，全面实施了城市环境综合整治定量考核制度，印发了新疆维吾尔自治区城市环境综合整治定量考核试行办法，开展了以防治废水、废气、固体废物和噪声为主要内容的城市环境综合整治，加强了城市基础设施和污染防治设施的建设。
继续抓紧工业污染防治。“八五”期间，各级政府、各部门在政策、投入、制度建设等方面加强了对工业污染防治的力度。结合产业调整，积极引进先进工艺技术、淘汰能耗、物耗高，污染严重的工艺设备，大力推行限期治理和排污许可证制度的实施，进一步促进了工业污染的防治。自治区人民政府先后3批下达了限期治理的单位和项目，颁布了《新疆维吾尔自治区污染源专项基金有偿使用实施办法》，自治区环境保护委员会审议通过了《自治区水污染物排放许可证管理暂行办法》，由自治区标准局颁布了《新疆维吾尔自治区污水综合排放标准》，开展了乡镇工业污染源调查，基本掌握了乡镇工业污染的情况，为全面防治工业污染打下了基础。
开展对外交往，增进国际合作。90年代，环保合作科考项目增多，曾先后与世界自然与自然资源保护同盟(IVCN)、世界野生生物基金会(WWF)、美国国家环保局等单位合作，同时也派出人员去德国、蒙古、新西兰进行合作和交际交流。
第四阶段，1995～2002年。1996年，国务院召开全国第四次环保工作会议，提出对全国各省、区排放污染物的总量控制计划，制订了工业污染源达标排放和环保重点城市环境功能区达标(简称一控双达标)计划，在全国施行。从1995年开始，围绕“一控双达标”工作，自治区人民政府先后颁布了《新疆维吾尔自治区石油勘探开发环境管理办法》、《新疆维吾尔自治区饮食娱乐服务企业环境管理规定》、印发了《新疆维吾尔自治区人民政府关于进一步加强环境保护工作的决定》、印发了关于对《国务院关于环境保护若干问题的决定》，由自治区副主席米吉提.纳斯尔专门召开会议，布置检查任务，重点检查了取缔、关停“15小”企业的进展情况。1996年自治区环保局提出实施“13211”环境保护行动计划即：一个城市、三大油田、两个湖泊、一个自然保护区，一个河流。1997年5月，自治区人民政府印发了《新疆维吾尔自治区“13211”环境保护行动计划实施方案》，拟定在今后5～15年内解决自治区一些重大环境问题。1998年初，乌鲁木齐市市区被国家列为二氧化硫污染控制区。同年3月，自治区党委、人民政府召开自治区计划生育和环境保护工作座谈会，自治区党委书记王乐泉要求，用五年时间解决乌鲁木齐市冬季烟尘污染问题。同年4月，自治区副主席王怀玉视察乌鲁木齐市环境保护工作，提出一年一个样，三年大变样、五年基本解决问题的要求。同年，自治区人民政府先后印发了《关于继续抓好取缔、关闭和停产15种污染严重企业的通知》、《自治区主要工业污染源2000年达标排放计划》、《自治区九五环境保护计和2010年远景目标纲要》，自治区环境保护局、乌鲁木齐市人民政府印发了《乌鲁木齐市冬季大气污染治理方案摘要》，1999年初，自治区人民政府主席办公会议听取了自治区环境保护工作的汇报，专门召开了乌鲁木齐市大气污染治理协调会。4月，乌鲁木齐市人民政府召开乌鲁木齐市大气污染治理动员大会，与会人员3 000余人，自治区党委副书记、副主席张云川出席并发表动员讲话。9月，自治区人民政府召开乌鲁木齐市大气污染治理第二次协调会议。2000年3月，乌鲁木齐市人民政府召开乌鲁木齐市2000年治理大气污染新闻发布会，动员和号召全社会进一步广泛参与乌鲁木齐市大气污染治理，加大治理工作力度。6月，自治区人民政府召开了一控双达标工作领导小组第一次会议，并与乌鲁木齐市、昌吉州、巴音郭楞州人民政府签订了一控双达标目标责任书。8月，自治区环保局召开全疆环保局长工作会议，局党组书记、副局长艾努瓦尔作了《抓紧时机、集中攻坚、为完成一控双达标任务而努力奋斗》的工作报告，自治区环保局印发了近期攻坚工作的紧急通知，要求各地区、各排污单位按照宜治则治、宜关则关、宜停则停、宜转则转、一厂一策的原则，采用不同形式促进企业实现达标排放，并呈请自治区人民政府对全疆108个未达标工业企业的超标排污车间(工段)下达停治理的决定。同年11月，自治区人民政府召开了一控双达标工作电视电话会议，通报了全疆一控双达标工作进展情况，提出了加大工作力度，采取有效措施，确保一控双达标任务按期完成，实现我区九五环保目标的要求。
2000年1月，自治区人民政府召开自治区人口、资源、环境工作座谈会，自治区党委书记王乐泉作了《提高认识、做好工作、推行新疆经济社会的可持续发展》的讲话，自治区主席阿不来提·阿不都热西提就如何贯彻讲话精神，切实做好资源管理与环境保护工作提出了工业污染防治与生态环境保护并重的具体要求。同年，由自治区计划委员会牵头编制的《西部大开发——新疆开发规划》明确提出了10年内重点实施的六大生态环境保护工程：一、塔里木河干流中下游治理工程;二、塔里木盆地南缘和准噶尔盆地南缘沙漠化治理工程;三、艾比湖区域生态保护整治;四、天然林保护工程;五、退耕还林还草工程;六、乌鲁木齐以大气污染防治和水污染防治为重点的城市环境综合治理工程。2002年2月，自治区主席阿不来提·阿不都热西提主持召开九届政府第89次主席办公会议，听取了自治区人口、资源、环境工作汇报。3月，召开了全疆环境保护工作会议，对2001年全区实施目标责任书成绩突出的地区进行了表彰，自治区主席阿不来提。阿不都热西提与各地、州、市政府、行署签订了环境保护目标责任书。
新疆的环境保护工作，从20世纪70年代开始，已经经历了近30年的历史，从1973年全国第一次环境保护会议上，提出三十二字环保方针，到10年后1983年全国第二次环境保护会议上，宣布环境保护为现代化建设中一项基本保证条件和战略任务，是一项基本国策。在十六大报告中，对今后一个时期的环保工作，又提出了新的要求，要走新兴化工业发展的道路，走可持续发展的道路。30年来，对环境问题的认识，也提高到一个新的水平，从单纯抓工业污染防治到污染防治与生态保护并重，从末端治理污染到全过程控制，从单纯抓环保工作到积极参与综合决策。经过30年的努力，已经建成了三级环保行政管理、监察、监测、科研、宣教、服务网络，形成拥有2 600多人的环保队伍和生态保护、污染防治、辐射环境监管、危险废物及核安全监控管理体系，取得了一定的成就，使全疆环境污染和生态破坏得到了遏制，环境质量没有随经济的迅速发展而严重恶化，局部地区环境质量还有所改善。但是，我们应该清醒地认识到，我们面临的环境形势十分严峻，新疆由于受历史条件限制和地域特点制约，生态环境十分脆弱，生态系统易遭破坏并难以恢复，环境保护的任务还相当艰巨。我们相信，只要坚持环境保护这项基本国策，坚持可持续发展战略，经过全疆环保工作者和自治区各族人民共同努力，就能够遏制环境恶化的趋势，为自治区经济和社会持续、快速、健康发展，创造一个和谐的环境。
党组书记、副厅长 邵峰
党组副书记、厅长 哈丹·卡宾
党组成员、副厅长 孙建新
党组成员、副厅长 拜合提亚·达吾提
党组成员、纪检组长 吕子祥
党组成员、副厅长 孙旺生
党组成员、副厅长 吴险峰(援疆)
核安全总工程师 张志伟
总工程师 温玉彪
副巡视员 李运江
副巡视员 高利军
